万方研究生查重系统的重复内容标记原理主要是通过文本比对技术，对上传的学术论文进行逐字逐句的比对，识别其中的重复内容并进行标记。该系统采用先进的文本相似度算法，能够准确地识别出文本中的重复部分，帮助用户快速发现论文中的抄袭和重复内容。

此外，万方研究生查重系统还结合了大数据分析技术，通过对海量学术文献数据库的比对和分析，提高了系统的查重准确性和覆盖范围。同时，系统还支持对比对结果进行详细的查看和分析，为用户提供全面的重复内容标记服务，帮助用户更好地完成学术论文的查重工作。