研究生万方查重系统查询次数是根据每次提交的文档进行计算的。当您使用万方查重系统提交一篇文档进行查重时，系统会记录下该次提交的文档，并对其进行计数。无论是初次提交还是重复提交，系统都会进行计数。因此，研究生万方查重系统查询次数是根据文档提交次数来计算的。

此外，研究生万方查重系统还会对每次文档提交进行记录，以便用户随时查看自己的查询次数。这种计数方法保证了用户能够清晰地了解自己在使用万方查重系统时的查询次数情况，有助于掌握系统使用情况和查询次数。