万方研究生查重系统操作的步骤包括：首先登录系统，上传论文，选择查重模式，等待系统分析，查看查重结果。在操作过程中需要注意上传格式、系统版本、查重模式选择等细节，保证查重结果的准确性和完整性。

在使用万方研究生查重系统时，需要注意上传论文的格式，避免遗漏或错误。另外，选择适当的查重模式也是关键，根据论文类型和要求进行选择。在查重结果出来后，要认真分析结果，确保论文的原创性和准确性。